凡出现上述症状中的部分表现而经有关检查排除病变者，均可以认为处在亚健康状态。但有时需要和一些常见疾病进行鉴别，以免耽误治疗时机。

贫血：贫血患者也可以出现头晕、头痛、乏力、心慌、多汗、晕厥、月经不调，但尚有面色苍白、粘膜发白、易感冒、血色素低等症状，可以通过血常规化验和骨髓穿刺鉴别。

器质性心脏病：由高血压、冠状动脉硬化、风湿热、肺动脉高压、病毒感染等病因引起的器质性心脏病，也可以有胸闷、心悸、心律不齐等症状，但一般体检和心电图检查可以发现相应阳性体征，而亚健康状态却表现正常。

神经衰弱：亚健康状态与神经衰弱在临床表现上十分相似，实验室检查也属正常，故鉴别起来比较困难。但神经衰弱一般病史较长，神经系统的症状更突出一些，而且常有药物治疗史，亚健康状态的全身症状更多一些。