豆芽含水量很大，保存不方便。根据豆芽质地娇嫩，含水量大的特点，一般保存起来有两种方法，一种是用水浸泡保存，另一种是放入冰箱冷藏。长时间用水浸泡容易导致营养物质流失，而且有实验研究表明，温度是影响绿豆芽褐变与黏腐的主要因素，因此，放冰箱低温保存更适合豆芽。有许多人试图用热水焯过保存，但这种保存效果更差。

家里买豆芽如果买多了，一定要先将剩下的豆芽择洗干净，褐变的豆芽都要丢弃，掐掉根须，因为根须上易沾有更多的细菌，如果不丢弃会加速豆芽的腐变。然后用清水洗净，控干水后密封装进保鲜袋中，尽量排出袋内的空气，打好结，再将另一保鲜袋套上，再打上结，使外界空气不能进入或进入少许，放入冰箱保存。不同的豆芽保存的时间长短也不一样的。黄豆芽保存的时间较长，绿豆芽则较短，但都不宜超过两天。