两宋、金元时期，中医学出现了流派争鸣的局面，涌现了金元四大家和陈直、邹铉等一大批著名家；同时由于宋代帝王对学十分关注，组织力量编写了《太平圣惠方》、《圣济总录》之类的大型官修医书，从而大大促进了中医学沿着《黄帝内经》开创的思路继续向前发展，并形成了一些自己的特色：

注意从发病学的角度探求规律。当时的中医家已经认识到人的形体“因气而荣，因气而病”（《圣济总录》），于是主张应该努力保养气血，调理气机。金元四大家之一的李东垣认为“脾胃之气既伤，而元气亦不能充，而诸病之所由生也”（《脾胃论》），从而相应地提出了要务在于保养脾胃之气的理论主张。同为金元四大家的失丹溪则改弦易辙，强调阴精对人体的重要作用，认为人的一生“阳常有余，阴常不足”（《格致余论》），因而在治病和方面都以滋阴为主。

注重联系老年生理特征探求长寿之道。，邹铉《寿亲养老新书》从老年人的生理特点出发，认为老人精神真气及五脏衰弱耗竭，肠胃虚薄，喜怒性情不定，类似儿童，且孤僻易于伤感，故应重视饮食调养、精神调摄，怡情悦志，以及顺应四时气候变化以。宋丹溪在《格致余论·茹淡论》中则结合老年人的生理特点，提出了以植物性食物为主的老年食谱。

宋代以后，由于真宗、徽宗等皇帝狂热崇道，使得道教宗派迅速蕃衍，道教理论有所深化。在众多道教流派和五花八门的道教学说中，内丹派理论影响最大，并相继出现了陈抟、丘处机、王珪等著名道教家。

陈抟所著的《指玄篇》、《阴真君还丹歌注》、《二十四气坐功导引治病图》均为阐述道教丹丹派理论和方法的重要专著，其中又以后者在民间流传最广。

丘处机的思想除了强调“全神炼气”、养气内守之外，还著有《摄生消息论》一书。

王珪在所著的《泰定主论》中论述了婚后至孕育和婴幼、童壮、衰老诸阶段的生理调摄，疾病治疗等问题，很有特色。尤其是书中关于药食的观点，更具创见。

有宋一代，儒家一反汉唐专治经学的传统，转而引释、道入儒，从而形成了独树一帜的理学。当时的理学家认定“理”是先天存在的、是永恒而至高无上的。为了穷究此“理”，理学家们提出了“去人欲、存天理”的总原则，而静坐则被视为实现这种原则的最有效的途径之一。尽管“去人欲、存天理”的理学原则本身是与人们的目的相悖的，但静坐方式却包含了积极的意义。以北宋著名理学家邵雍为例，“静坐”固然被他视为穷理尽性的主要方法，但在“静坐”穷理的实践过程中，邵雍同样感到了这种方式所具有的功效。因此，在他的某些诗作，如《何处是仙乡》中，就写出了一种独特的静坐感受。

对静坐感受最深的，大概莫过于南宋理学。由于晚年健康状况甚差，所以朱熹十分倾心符合其理学大师身分和经历的静坐法。据《宋元学案》记载，为了提高和加强静坐的效果，朱熹还作有《调息箴》一首。