抗生素在治愈疾病并挽救许多患者生命的同时，因为不合理使用而导致的不良反应增多、细菌耐药性增强、甚至治疗失败的现象也日益常见。７月３１日在上海举行的“合理使用抗生素全国专家研讨会”上传出信息：当前社会上滥用和医院内不合理使用抗生素的情况十分严重。
上海第二医科大学附属瑞金医院临床微生物科主任倪语星告诉记者，随着我国着力推行抗生素在药房凭处方购买等措施，社会上滥用抗生素的现象将逐步得到缓解，同时，拥有处方权的医生在处置抗生素时，更应该担负起合理使用抗生素的责任。由于医生自身知识的局限、医药企业促销等因素，造成了医院内应用抗生素的误区。目前医院内使用抗生素主要存在三重误区。
第一，大多数医生使用抗生素是凭经验用药，没有根据微生物学证据和细菌感染分析结果来指导用药。世界卫生组织要求５０％使用抗生素的患者在用药前进行标本的细菌培养，而我国的这一比例低于３０％。许多医生在轮番运用了多种抗生素后仍然看不到效果时才想起标本送检，可是，这个时候由于病人体内已经含有抗生素，细菌可能早已发生变异，标本阳性率降低，给确定病原菌带来了很大困难。
倪语星说：我们不一概反对经验性用药，细菌培养一般需要２－３天时间，临床上为了抢救危重病人，可以先凭经验使用抗生素应急；但是必须强调经验性用药也要依据以往的微生物学依据，不能任意试用抗生素，一种不行就再上一种，在用药前要预留标本。
第二，外科手术前的预防用药十分普遍，为了让病人“增强抵抗力”，在手术前、也就是说病人还没有出现感染时，就使用高档的抗生素。这种做法不仅无益，而且是很大的浪费。
第三，在许多根本不是细菌感染的场合使用抗生素。
最常见的是把抗生素当作退烧药，只要病人发烧就用药，其实发烧的原因多种多样，如病毒感染、肿瘤、免疫作用等都可以引发患者发烧，滥用抗生素只会延误病情。
最典型的就是由于第３代头孢的滥用，这一原本适用于较严重感染的抗生素被广泛运用，在众多患者体内产生了破坏抗生素的超广谱β内酰胺酶，诸如肠杆菌科等多种细菌对第３代头孢耐药。
我国各地的细菌耐药状况差异很大，国家正在积极制订有关抗生素应用指南，各个省市将根据其中的指导原则制订相应的实施计划，为了严格规范医院内抗生素的使用，理想的状况是每个大型综合性医疗机构都应该建立抗生素的应用指南。