鱼缸里经常会有油渍与尘埃浮在水面上，可用薄的吸水纸吸去，办法是用竹筷挟着薄纸轻轻地在水面拖动，即能吸去污物，浮在水面的油渍是因脂肪及放食饵所致，要勤加清理，以防止水质变坏。
鱼缸的玻璃上常会粘附水苔等污物，因它会影响鱼儿的生长，所以一定要设法清除。清除时，可用特制的长柄夹夹住刀片来刮除不洁粘附物，刮落在箱底的不洁物，可用塑料吸管吸收，为防止缸底的沙也被吸出，吸管口部的加可上一个适合的网子，以避免珊瑚沙被吸出来。